Indicó, al respecto que durante el actual gobierno se descartó las versiones sobre un supuesto ingreso de elementos de las FARC a territorio peruano, versión que en su momento fue expresada por algunas autoridades regionales de Loreto.
Flores Aráoz recordó que en este periodo representantes del más alto nivel de Defensa de Perú y Colombia visitaron hasta en dos oportunidades la frontera común y descartaron las informaciones sobre una presunta infiltración de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC) en territorio peruano.
Resaltó que ambos países mantienen una "estrecha colaboración" en materia de seguridad en la frontera que comparten ambos países; y precisó que, en ese sentido, en el 2002 firmaron un acuerdo para combatir las actividades ilícitas en los ríos fronterizos comunes.
Dicho compromiso incluye el control del tráfico de embarcaciones, el intercambio de información (táctica, operacional, de inteligencia, alteración del orden público, etc) y coordinación operativa para evitar que delincuentes traspasen la frontera eludiendo la acción de las autoridades.