El nombramiento de Pereyra Briceño fue muy criticado, debido a que en el año 2006 fue denunciado ante la justicia militar por desaparecer documentos clave del legajo personal del entonces candidato y hoy presidente Ollanta Humala, relacionados a la presunta violación de derechos humanos en el caso Madre Mía.
A través de una resolución suprema publicada en el diario oficial El Peruano, se designó a Alfredo Murgueytio Espinoza como nuevo jefe del INDECI, en reemplazo de Pereyra Briceño, a quien se le aceptó la renuncia al cargo.
Las normas están refrendadas por el presidente Ollanta Humala y por el presidente del Consejo de Ministros, Salomón Lerner Ghitis.